El órgano ejerce un gran poder de atracción sobre todo aquel que entra en la iglesia y lo ejerce, además, sin demora, de manera inmediata e inevitable. Y es que la caja, como elemento más visible y perceptible, destaca por su decoración y la gran elegancia de su conjunto. Es obra de los maestros Juan Antonio de Maiz y Joaquín Antonio Barasategui, que trabajaron "conforme a la traza dispuesta por el organero".
La fachada está formada por tres alturas bien definidas:
Consta, además, de dos teclados: uno manual de 45 notas (C-c’’’) de octava grave diatónica ("octava corta") y otro de Contras de 8 notas (C-H), diatómico; de 35 medios registros, 15 para los Bajones y 20 para los Tiples, más un juego de Contras. Los tiradores son de madera de nogal con los bolinches de los puños de boj.
En cuanto a la cañería, son en total 1.450 tubos: 1.399 sonoros y 51 decorativos. Los materiales utilizados en su elaboración han sido el estaño y la madera de castaño y de roble.
El secreto es de madera de nogal, de una pieza. Los tubos están colocados sobre 11 tablones aconductados. El de las Contras es un secreto de 2 piezas.
El sistema de alimentación está constituido por dos fuelles cuneiformes o de abanico, de siete pliegues cada uno. De madera de roble y montados con piel baldés, miden 1950 x 1040 mm. Un motor-ventilador silencioso encerrado en una cabina insonorizada alimenta los fuelles a través de una válvula articulada. Por tanto, los fuelles pueden ser accionados manualmente o alimentados por el motor-ventilador eléctrico.